戰國以前，靖遠境內為中國古代北方少數民族羌人和戎人所占據，戰國末期。

秦代，滅義渠戎，置北地郡，郡治義渠，靖遠境域始劃入秦國版圖。

西漢武帝元鼎三年，靖遠境內始置祖厲、鶉陰二縣，屬安定郡，郡治高平，為靖遠縣級行政建制之開端。

新莽時期，改祖厲縣為鄉禮縣。

東漢時期，祖厲縣治南遷，鶉陰縣改為鹯陰縣，屬武威郡。

三國時期，屬魏國武威郡。

東晉十六國時期，后趙將祖厲縣南遷，置隴東郡。前秦于鹯陰縣地置平涼郡。西秦屬苑川郡。

南北朝時期，北魏置高平鎮，鹯陰縣屬之。西魏置會州，靖遠始稱會州。北周改會州為會寧防。

隋朝時期，會寧防改為會寧鎮，后改為會寧縣，屬平涼郡。

唐代初期，改會寧縣為西會州，后復為會寧縣，屬關內道。

北宋時期，西夏國曾兩度攻陷靖遠地，置敷川縣。

崇寧三年改為敷文縣，屬涇原路。

南宋時期，先后為金、西夏攻陷，金改敷文縣為保川縣。

元代，仍為會州，屬陜西行省鞏昌府。

明代初期，裁會州，于迭烈遜設巡檢司戍守。

清代，順治元年，改靖虜衛為靖遠衛，屬鞏昌府。

康熙二年，靖遠衛并入隴右道。

雍正八年，改靖遠衛為靖遠縣，屬鞏昌府。

乾隆二年，靖遠縣改屬蘭州府。

民國三年，甘肅省設七道，靖遠縣屬蘭山道。

1949-1961年，隸屬定西地區。

1961-1963年，劃歸白銀市管轄。

1964-1985年，復屬定西地區。

1985年8月，白銀市恢復成立，靖遠縣復歸白銀市管轄。 

1996年，靖遠縣面積5677平方千米，人口44.3萬人。轄1個鎮、20個鄉:城關鎮、興隆鄉、東灣鄉、糜灘鄉、鳥蘭鄉、北灣鄉、中堡鄉、平堡鄉、石門鄉、劉川鄉、高灣鄉、雙龍鄉、靖安鄉、五合鄉、東升鄉、大蘆鄉、北灘鄉、永新鄉、若笠鄉、曹峴鄉、三灘鄉。縣政府駐城關鎮。

2000年第五次人口普查，全縣總人口463076人，其中:城關鎮38817人，平堡鄉18580人，北灣鄉31793人，中堡鄉10678人，糜灘鄉23350人，三灘鄉20974人，烏蘭鄉32304人，東灣鄉43001人，大蘆鄉20383人，興隆鄉13504人，雙龍鄉14817人，石門鄉17407人，劉川鄉20245人，高灣鄉26112人，靖安鄉13830人，五合鄉30326人，東升鄉21283人，北灘鄉35461人，永新鄉11719人，若笠鄉9771人，曹峴鄉8721人。

2002年，北灣、東灣2鄉撤鄉建鎮。2005年1月，烏蘭鄉與城關鎮合并為烏蘭鎮;撤銷曹峴鄉并入若笠鄉;撤銷中堡鄉，將其所轄中堡、營坪2個村并入北灣鎮，營防、賈口、上灘3個村并入烏蘭鎮。

2007年末，全縣轄烏蘭、東灣、北灣3個鎮和平堡、糜灘、三灘、劉川、若笠、大蘆、高灣、興隆、雙龍、石門、永新、靖安、五合、東升、北灘15個鄉，共有9個社區、175個行政村，60個居民小組、1125個村民小組。