遠(yuǎn)在春秋戰(zhàn)國(guó)時(shí)期，合作就是古西羌首領(lǐng)無(wú)戈爰劍建立羌族政權(quán)的北塞重鎮(zhèn)。

中唐時(shí)期，西北游牧民族吐谷渾在北距合作80公里的枹罕地區(qū)建都立國(guó)，并開(kāi)辟打通了歷史上著名的西連西域、西藏和印度，南接中原和西蜀的"絲綢南路"。

清代以后，合作曾一度被稱為"黑措"，系藏語(yǔ)音譯，又稱"羚城"，意為羚羊出沒(méi)的地方。

清雍正朝時(shí)屬蘭州府循化廳管理下的南番二十一寨中的黑措寨。

清道光二十六年(1846年)，黑措四溝的藏族人民在當(dāng)?shù)赝凉俸椴紕偩�、束奴突巴的率領(lǐng)下起義，失敗后，黑措和美武被劃入洮州廳轄區(qū)，中華民國(guó)時(shí)被劃歸夏河，編為夏河設(shè)治局第四區(qū)。

1953年，甘南藏族自治區(qū)(后改為州)成立時(shí)，就選定了四周崗阜羅列，低山環(huán)抱，地勢(shì)平坦寬闊的沉積盆地黑措為州府駐地。

1954年，由甘肅省設(shè)計(jì)公司對(duì)城區(qū)建設(shè)作了初步規(guī)劃后，于1955年開(kāi)始全面建設(shè)。

1956年5月，州人民委員會(huì)所屬部分機(jī)關(guān)率先從夏河拉卜楞遷來(lái)此地辦公，鎮(zhèn)名亦同時(shí)改為合作，既取藏語(yǔ)諧音，又象征民族團(tuán)結(jié)、和睦。

1996年6月，經(jīng)國(guó)務(wù)院批準(zhǔn)，甘肅省人民政府正式通知設(shè)立合作市，經(jīng)過(guò)一年的籌備，合作市于1998年1月1日正式掛牌運(yùn)作。隨后撤銷(xiāo)合作鎮(zhèn)，于2000年1月18日設(shè)立了4個(gè)街道辦事處。

2010年合作市轄6個(gè)鄉(xiāng)4個(gè)街道辦事處，即佐蓋多瑪鄉(xiāng)、佐蓋曼瑪鄉(xiāng)、卡加道鄉(xiāng)、卡加曼鄉(xiāng)、勒秀鄉(xiāng)、那吾鄉(xiāng)、通欽街道、當(dāng)周街道、堅(jiān)木克爾街道、伊合昂街道，有38個(gè)村民委員會(huì)、8個(gè)社區(qū)居委員會(huì)、249個(gè)村(居)民小組。

合作市位于甘南藏族自治州北部，地處東經(jīng)100°44′45″~104°45′30″，北緯33°06′30″~35°32′35″之間。東連卓尼縣，南靠碌曲縣，西接夏河縣，北倚臨夏回族自治州和政、臨夏兩縣。合作市距臨夏州105千米，距省府蘭州市267千米。全市總面積2670平方千米，其中草場(chǎng)面積16.45萬(wàn)公頃，耕地面積1.02萬(wàn)公頃，林地面積1.33萬(wàn)公頃，城區(qū)面積11.4平方千米。