喀納斯湖位于阿爾泰山脈最高峰，海拔4374米的友誼峰腳下，是經第四紀大冰期復合谷冰川刨蝕而成，距離友誼峰20公里。周圍阿爾泰山脈與蒙古、俄羅斯、哈薩克斯坦共和國三國交界，是非常重要的邊界地區。喀納斯自然保護區以喀納斯湖風景區為中心，東西寬約74公里，新疆地處我國西北干旱荒漠區，準噶爾盆地“千里戈壁”聞名中外，而喀納斯湖景區雖然地處準噶爾盆地北緣，和干旱荒漠連成一體，但它卻森林密布，草場繁茂，反映出喀納斯湖生物地理群落的獨特性以及它在科學研究領域中的價值。喀納斯湖是蒙古語“美麗富饒而神秘”的意思，整個風景區總面積5588平方公里，其中禁止一切生產活動的絕對保護區1885平方公里，緩沖區3707平方公里。保護區東部為布爾津河上游，西部為哈巴河上游，均為額爾齊斯河的支流。區內還有大小湖泊200多個，總面積約為100平方公里，大部分為小兵磧湖。喀納斯湖為保護區最大的湖泊，其次是阿克庫勒湖，在喀納斯湖上游35公里，總面積約9.4平方公里，海拔約2000米。

　　喀納斯湖自然保護區是西伯利亞泰加林帶在中國唯一的延伸；是中國唯一北冰洋水系——額爾齊斯河最大的支流發源地；是中國唯一的西伯利亞動植物區系分布區；是新疆針葉林樹種和野生動物種類最多、人類影響最小、原始自然狀態保存最為完整的地區，國家級自然保護區。喀納斯地理位置和自然條件優越，生物組合奇異，分布著寒溫帶泰加林，區內森林草原相間，群落保持完好狀態，自然垂直譜明顯，現代冰川保存完整，生態體系獨特，自然風光優美。喀納斯湖自然保護區屬大陸性北溫帶寒冷氣候區，由于地處歐亞大陸腹地，遠離海洋，緯度教高。全國無明顯的夏季，雨量充沛，光熱資源也比較豐富。區內年降水量1065.4毫米，最大降水高度為2100毫米。在海拔2100米以下，降水量隨海拔升高而增加，2100米以上，隨海拔升高而減少。降水量從南到北逐漸增加，北部、東北部海拔高，終年冰雪覆蓋，成為本區巨大的固體水庫和壯觀的現代冰川。喀納斯景區的氣溫升降情況大致可以分為以下幾個階段：4-5月，氣溫回升較快，升溫不穩定，多風少雨，天氣多變，常出現倒春寒。一般年份4月中旬氣溫才穩定通過0℃，積雪開始融化，土壤開始解凍。6—7月，平均氣溫15℃，多陣性天氣，降水頻繁，氣溫明顯升高，常有雷雨和冰雹天氣發生。8—9月份，降溫迅速，強冷空氣開始侵入，9月初霜凍出現。10月至3月，出現漫長的嚴寒天氣，降雪頻繁，積雪深度可達1—2米。整個景區的降水量可達1000多毫米，被稱為“新疆濕島”。