原阿克塞哈薩克族自治縣位于海拔2800米的博羅轉井溝，處在阿爾金山的沖擊扇地區，居住在縣城的人們，除了少數人以正常職業維持生計外，游牧為當地人的主要生存方式。

1953年敦煌縣以南的海子為中心地區置阿克塞哈薩克族自治區籌備委員會，1954年4月26日成立阿克塞哈薩克族自治區(縣級)，駐博羅轉井。1955年改名為阿克塞哈薩克族自治縣。

建縣初期，黨和政府無償拿出資金，調撥了大量的生活必需品，對阿克塞實行了三年的"供給制"。

從1954年直到20世紀90年代初的40多年間，牧民的生活條件依然艱苦，吃水難、行路難、看病難、上學難等事關群眾切身利益的問題并沒有得到解決。

20世紀90年代，自治縣縣委、縣政府作出縣城搬遷和牧民定居雙管齊下的戰略決策，并得到國務院和甘肅省委、省政府的高度重視和大力支持。

1995年1月，國務院批準同意阿克塞縣政府駐地由博羅轉井鎮遷至紅柳灣鎮。1996年初，新縣城建設工作全面啟動。1998年縣城正式由博羅轉井鎮遷至紅柳灣鎮。

截止至2014年，阿克塞縣轄2鄉(阿克旗鄉、阿勒騰鄉)1鎮(紅柳灣鎮)，共14個行政村。

阿克塞縣生活著哈薩克、漢、回、蒙、維吾爾、撒拉、藏族等12個民族。截止2014年，全縣常住人口1.06萬人，其中哈薩克族3165人，占全縣總人口的36.8%。

阿克塞哈薩克族自治縣地處甘、青、新三省(區)交匯處，地理位置優越。

阿克塞縣處于柴達木盆地荒漠與河西走廊荒漠包圍之中，地形呈狹長狀，以當金山口為界，西部有阿爾金山脈橫貫，東部有祁連山地的黨河南山、賽什騰山、吐爾根達坂山等山脈，均呈西北-東南走向分布。由山區到盆地中心，大體可以分為山岳地貌、丘陵地貌、平原地貌三種地貌類型。