金天會九年(1131年)，金兵入隴右，取熙、河、蘭諸州，河州入于金。天會元年(1123年)，金設積石州。金初，沿宋制，縣地屬臨洮府河州。皇統二年(1142年)更臨洮府為臨洮路，仍屬之。南宋寶慶二年(1226年)蒙古滅西夏后，攻克河州、積石州，縣地入蒙古汗國。

元初屬陜西行中書省鞏昌路。元始祖至元六年(1269年)改河州為河州路，隸宣政院，轄定羌、寧河、安鄉三縣。

明洪武三年(1370年)，明將鄧愈攻克河州。明洪武四年(1371年)，置河州衛，受轄于陜西都司西安行都衛。基層實行里甲制度，河州原制45里，明嘉靖時人丁減少縮為31里，縣境內有銀川、木葉、吹麻、下川、樣卑5里。六年(1373年)置河州府，領寧河、安鄉二縣，縣地屬安鄉縣。成化九年(1473年)改河州軍民指揮使司為河州衛，復置河州。縣境銀川里、木葉里、吹麻里、樣卑里、下川里皆屬河州。

清初，縣境屬臨洮府河州管轄。康熙四十四年(1705年)，廢除明代里甲制，改設會社制，縣地為西鄉二十九會中的十八會。乾隆二十七年(1762年)移河州同知于循化營，設循化廳，縣境內癿藏、紅崖、端言、回回、迭古、仰化六部族，歸其管轄。

民國元年(1912年)，分甘肅省行政區劃為七道，縣地屬蘭山道河州。民國二年(1913年)，北洋政府廢府、州制，將河州改為導河縣，縣境屬之。民國十八年(1929年)改導河縣為臨夏縣，縣境癿藏、小關、中咀嶺、居集鄉部分沿山地區屬循化縣，銀川、鋪川、安集等地屬永靖縣，其余屬臨夏縣。

1949年8月，在中國共產黨的領導下，積石山解放，人民獲得新生。1949年8月至1958年，縣境除安集、銀川、鋪川鄉外，其余屬臨夏縣。

1958年底，臨夏市、臨夏縣、永靖縣合并為臨夏市。

1961年，恢復臨夏縣建制，縣境屬臨夏縣。

1980年6月14日，國務院批準成立積石山保安族東鄉族撒拉族自治縣。