夏、商、周時(shí)期，卓尼屬雍州之域。

春秋戰(zhàn)國(guó)時(shí)期，卓尼為秦地。

秦始皇統(tǒng)一全國(guó)后，縣境歸隴西郡所轄，屬臨洮縣地。

西漢武帝時(shí)，縣境歸涼州刺史部屬下隴西郡所轄，仍屬臨洮縣地。

東漢時(shí)仍屬?zèng)鲋荽淌凡侩]西郡臨洮縣所轄。

三國(guó)時(shí)期，縣境初屬魏雍州之地，仍設(shè)隴西郡及洮陽(yáng)縣，旋改為秦州隴右郡臨洮縣。

晉一統(tǒng)三國(guó)，縣境大部分為秦州隴西郡臨洮縣轄地。晉惠帝時(shí)，改易郡縣，縣境大部屬狄道郡洮陽(yáng)縣轄。

東晉時(shí)，原晉置臨洮郡縣相繼淪陷，縣境大部被吐谷渾政權(quán)控制。

十六國(guó)時(shí)期，地方軍閥割據(jù)紛爭(zhēng)，縣境朝秦暮楚，置廢無(wú)常。縣境東北部歸前趙隴西郡臨洮縣轄領(lǐng)，西北部仍由吐谷渾占據(jù)。

前秦時(shí)，縣境屬河州隴西郡臨洮縣轄領(lǐng)，西南大部仍屬吐谷渾政權(quán)領(lǐng)地。后秦未收復(fù)洮西諸地，仍于原秦故城設(shè)臨洮縣，收洮陽(yáng)、洪和諸地。

前涼時(shí)，縣境屬秦州隴西郡統(tǒng)屬。后涼時(shí)，縣境部分地域?qū)匐]西郡臨洮縣轄。

南涼時(shí)，縣境仍歸隴西郡臨洮縣屬。

南北朝北魏太平真君時(shí)期，縣境歸河州轄領(lǐng)，于原臨洮縣治設(shè)臨洮郡，領(lǐng)縣泛潭，郡縣同治，統(tǒng)領(lǐng)縣境洮水流域。太和中(477-499年)，吐谷渾于境內(nèi)又重修洮陽(yáng)、泥和諸城戍守，于原臨洮郡城設(shè)洮州。

北周改西魏泛潭縣為臨潭縣，并于縣治置洮陽(yáng)郡，兼置洮州，并在吐谷渾迷和城附近設(shè)旭州。

隋代，初廢洮、旭二州，改洮陽(yáng)郡為臨洮郡。

唐代，卓尼縣境屬隴右道所轄。肅宗乾元元年(758年)，縣境均屬吐蕃統(tǒng)領(lǐng)。

五代時(shí)期，縣境仍屬吐蕃。后唐明宗長(zhǎng)興四年(933年)，派重兵收復(fù)洮西，升洮州為保順軍，并以保大軍節(jié)度，旋即又失。

宋代，初期仍襲唐制，至宋太宗至道三年(997年)始分全國(guó)為15路，分領(lǐng)府、州、軍、監(jiān)。神宗熙寧六年(1073年)收復(fù)洮西，于今臨潭縣治舊城設(shè)洮州，縣境屬之，隸熙河路。旋即棄之不守。熙寧九年，又于今縣境東部設(shè)滔山監(jiān)，轄今岷縣以西及縣境東部地區(qū)。徽宗大觀二年(1108年)又收復(fù)洮西，仍設(shè)洮州。三年升洮州為團(tuán)練州，縣境屬之。北宋時(shí)縣境除數(shù)年歸宋轄領(lǐng)外，均屬吐蕃角廝啰政權(quán)統(tǒng)治。