水電資源豐富，黃河一級支流洮河流經縣境8鄉鎮，長達174千米，各類大小河流呈網狀分布，年地表徑流量28.9億立方米，水能蘊藏量62.84萬千瓦，技術可開發利用量50.37萬千瓦。

卓尼縣地下礦藏較為豐富，初步探明的有金、銀、銅、鐵、鉛、鋅、汞、大理石、石灰石等。

卓尼縣的牲畜品種中，以車巴溝的犏牛，北山的牦牛，完冒等的藏羊、蕨麻豬，新洮地區的紫羔羊。有國家一、二、三類保護的珍禽異獸金錢豹、水獺、猞利、梅花鹿、胡兀鷲、林麝、黑熊20多種。

截止2000年，卓尼縣總人口95659人。

卓尼縣有藏、漢、回、土、滿、苗等10多個民族。藏族人口占總人口的62%。

2012年，實現地區生產總值10.68億元，同比2011年增長14.2%，完成大口徑財政收入1.24億元，同比2011年增長11.84%。實現社會消費品零售總額2.54億元，同比2011年增長32.7%。城鎮居民人均可支配收入達到13695元，同比2011年增長17.5%。農牧民人均純收入達到3271元，同比2011年增長16.6%。

同2013年相比，2014年上半年實現工業增加值12595萬元。

2012年，農作物播種總面積105.13平方千米，其中:糧食播種面積50.6平方千米，油料面積26.33平方千米，蔬菜面積 1.4平方千米，藥材面積13.33平方千米，其他農作物面積14.13平方千米，糧食產量達1.28萬噸，油料產量達0.43萬噸。農機具擁有量達17692臺，總動力達59279千瓦。

2012年，農牧業增加值2.99億元，農牧民人均純收入3268元。全縣成立生產加工龍頭企業3個，年產值達2260萬元，農產品加工率為13%;成立農牧民專業合作社83個;流轉土地125.122平方千米，流轉率達2.3%。

改革開放初期，全縣各類牲畜僅存欄19.76萬頭，牧業產值372萬元，占全縣農業總產值的31.58%，牧民人均純收入48元。至2008年底，全縣各類牲畜存欄36.78萬頭，出欄13.52萬頭，牧民人均純收入達到1618元，比1978年增長了33.7倍。

從2000年起，卓尼縣從青海、瑪曲等地引進良種牦牛和藏羊，對本地品種進行改良。2007年在大峪、柏林牧場建立牦牛種公畜選育及繁育基地。