2015年，卓尼縣下轄3個(gè)鎮(zhèn)，11個(gè)鄉(xiāng)，1個(gè)民族鄉(xiāng)。

鎮(zhèn):柳林鎮(zhèn)、扎古錄鎮(zhèn)、木耳鎮(zhèn)

鄉(xiāng):納浪鄉(xiāng)、洮硯鄉(xiāng)、藏巴哇鄉(xiāng)、喀爾欽鄉(xiāng)、申藏鄉(xiāng)、恰蓋鄉(xiāng)、康多鄉(xiāng)、阿子灘鄉(xiāng)、完冒鄉(xiāng)、刀告鄉(xiāng)、尼巴鄉(xiāng)。

民族鄉(xiāng):勺哇土族鄉(xiāng)。

卓尼縣地處青藏高原東部，卓尼縣位于甘肅省，甘南藏族自治州東南部，介于東經(jīng)102°40′-104°02′，北緯34°10′-35°10′。卓尼縣東接岷縣、漳縣，北靠渭源、康樂、和政，南鄰迭部、四川省若爾蓋縣，西通合作、碌曲，中部與臨潭縣插花環(huán)接。東西長115千米，跨徑1°22′，南北寬113千米，跨緯1°。總面積5419.68平方千米。

卓尼縣全縣地質(zhì)屬北秦嶺皺褶帶南部，結(jié)構(gòu)復(fù)雜。

卓尼縣縣域?qū)偾貛X東西向復(fù)雜構(gòu)造帶的西部，亦稱西秦(嶺)。地貌大部分為中低山地形，地勢西南高，東北低。最高點(diǎn)為南部札伊克嘎峰，海拔4920米，最低為東北部藏巴哇地區(qū)，海拔2000米，高低相差2920米。卓尼縣南部為東西走向的迭山山脈，構(gòu)成縣境內(nèi)的屋脊;迭山以北為洮河水系切割的中岱地形，除海拔3600米以上部分為裸露巖石外，其余為茂密森林和山地草場，河谷地帶則形成許多沖積灘地;中部為高原丘陵地貌為主，河谷開闊;北部由武當(dāng)山等諸多山峰形成北部屏障，呈破碎的高山地貌形態(tài)。

卓尼縣年均氣溫4.6攝氏度，年均降水量580毫米，無霜期119天，屬高原性大陸氣候，寒冷濕潤，四季不明，山高林多濕度大。