與此同時，對邊境地區(qū)實(shí)行以“王皇子視封建，置行中書省廉訪司視中國”的雙重統(tǒng)治方式，即在一個地區(qū)設(shè)立由元趄政府管轄的行省、路、府、州、縣五級政權(quán)，同時又有諸王封地插于其中。如今武威即屬于甘肅行中書小、甘州路（后劃歸永昌路）、西涼府（后降為西涼州），同時還有窩闊臺后裔闊端之子只必貼木兒王的勢力。這種形式，一方面是為削弱諸王的勢力，加強(qiáng)中央政府直接統(tǒng)治，同時又起著相互監(jiān)督的作用。如至元二年（1265）詔：“并諸王只必帖木兒所設(shè)管民官屬”，即是削弱蕃王勢力的措施之一。反過來又說明從闊端王開始到只必貼木兒的三十五年間，涼州地區(qū)的軍政民事統(tǒng)由諸王管理。當(dāng)中包括民勤

只必帖木兒的勢力雖然受到削弱，但實(shí)力仍很強(qiáng)大。他征發(fā)民役，為其修筑城池。至元九年（1272）修成新城，元世祖賜名“永昌府”（今武威城北三十時碎屑 昌鄉(xiāng)所在）。當(dāng)時涼州府城規(guī)模宏偉，街道屋宇完整，而闊端、只必帖木兒父子不住府城，而別筑新城于田野，目的之一，就是控制北部民勤地方的蒙古等族牧民。史載：“只必帖木兒鎮(zhèn)西方，其下縱橫，需索無算，省臣不能支。文用幕府，輒而折以法”，“因歷指其不法者數(shù)十事”又說他“侵略平民，為暴尤甚。”反映出與行省并存的諸王，對涼州。（包括民勤）的居民進(jìn)行著殘酷的壓榨與掠奪。

現(xiàn)在史料中沒有發(fā)現(xiàn)元朝的民勤設(shè)置行政機(jī)構(gòu)的記載。一是史書記載有缺，二是河西諸王很多，兩者之中，后者可能性更大。僅今武威一縣之地，就有永昌路、涼州（府）兩大行政機(jī)構(gòu)，還并存只必帖木兒永昌王府和高昌王亦都護(hù)兩王府。當(dāng)時河西“人煙凋零”，民勤也不例外。各族居民分別錄屬于諸王之下，加上元朝政府東西交道大路有兩條，即經(jīng)過民勤地界，沿途設(shè)立許多驛站，各下轄數(shù)以百計(jì)的“站戶”，為來往行人充當(dāng)負(fù)役，這樣，屬州縣管轄的居民為數(shù)已經(jīng)不多了。因而當(dāng)時可能是因西夏例，民勤就沒有縣級政權(quán)，而是諸王官司員和元朝政府所設(shè)驛站管理機(jī)構(gòu)分別管理。

元朝末年，全國相繼爆發(fā)了農(nóng)民大起義。元順帝在農(nóng)民軍的強(qiáng)大攻勢下節(jié)節(jié)敗退，中上蒙古貴族內(nèi)部爭權(quán)奪利的斗爭愈演愈烈，元朝終于在至正二十八年（1368）滅亡。同年朱元章稱帝，國號大明，改元洪武。

洪武元年（1368），原元河南王擴(kuò)廓帖木兒領(lǐng)兵逃亡甘肅，明太祖派徐達(dá)、常迂春、馮勝將兵追擊。次年，擴(kuò)廓帖木兒攻占蘭州，徐達(dá)等擊走，逃往和林。五年（1372）明以馮勝為征西將軍，攻甘肅，征擴(kuò)廓帖木兒。至甘肅經(jīng)蘭州，“次別篤山，岐王尕兒只班遁去，追獲其平章和中奴等二十七人，及馬駝牛羊十余萬”。別篤山《讀史方輿紀(jì)要》卷63《甘肅鎮(zhèn)》篇記作“別力篤山”（原注：“在涼州北塞”。其位置當(dāng)在民勤界。）“馮勝……稱破元兵于別力篤山，取西涼（指涼州），至永昌（今永昌縣），下甘州。”由此可知，馮勝是從蘭州西北上，先至民勤別力篤由，然后南下至達(dá)武威，占領(lǐng)永昌、甘州、蘭州至武威，民勤處在交通大道上。岐王原為濮陽王，元大德十年（1306）始封，延右四年（1317）進(jìn)封岐王，封地甘州、永昌間，與荊王相鄰。其何時遷入民勤，不得而知，但是元末在民勤，是實(shí)在的。這樣，民勤地界除元初有闊端王及其子只必帖木兒王的行宮外，后來又增加了岐王王府。府有平章，應(yīng)是較大的機(jī)構(gòu)。明軍得其牲畜十余萬，只少也有數(shù)百戶人。

明朝統(tǒng)一河西后，改變了無朝的行政管理制度廢除諸王封地和行省制，改用新法。

據(jù)《明史·地理志》一記：明洪武初，革無中書省，后盡革行中書省，置十三布政使司管理全國。省元甘肅行中書省，并入陜西行中書省。

又記：“邊陲要地稱重鎮(zhèn)者凡九”。九鎮(zhèn)東起遼汞，西至甘肅。于原甘肅行省所在地甘州設(shè)立甘肅鎮(zhèn)，管理河西。這樣，河西地區(qū)就陜西布政使司所轄甘肅管轄之下。九鎮(zhèn)所轄，均在北邊，所以又稱“九邊”。

鎮(zhèn)以下相當(dāng)于州，縣級政權(quán)機(jī)構(gòu)，一律稱“衛(wèi)”。 衛(wèi)者，守御也。保衛(wèi)也。與衛(wèi)相接近而以軍事任務(wù)為主者，稱守御千戶所。衛(wèi)與所可根據(jù)情況變化而更改，有時稱衛(wèi)，有時稱千戶所。河西地區(qū)的衛(wèi)所共十五，鎮(zhèn)番衛(wèi)為其中之一。

《明史·地理志》記：“鎮(zhèn)番衛(wèi)，本臨河衛(wèi)，洪武中以小河灘城置。三十年正月更名鎮(zhèn)番衛(wèi)”。臨河者，臨石羊大河也，小河灘城位于河濱。

明代于北邊設(shè)衛(wèi)（所），主要是從軍事方面考慮。朱元璋雖然利用農(nóng)民大起義推翻了元朝，但蒙古問題一直沒有得到妥善解決。終明之世，蒙古族一直有北邊對明朝造成嚴(yán)重威脅，戰(zhàn)爭從未間斷。為了防御蒙古來犯，沿北邊設(shè)立衛(wèi)所，后來還修筑了邊墻。

明代北邊的蒙古，主要是兩大系統(tǒng)。一是蒙古，后稱韃靼、韃韃、、達(dá)達(dá)蒙古，即元宗室以及當(dāng)時遷入中原和牧居塞北的蒙古各部落。二是西蒙古，又稱瓦刺、衛(wèi)拉特等。原居新疆阿爾泰山以北葉尼塞河上游地區(qū)。成吉思汗西征時參加大蒙古國，后來逐漸進(jìn)入了天山以北。明初在復(fù)元的旗幟下東下，廣泛活動于大漠南北地區(qū)。這兩大系統(tǒng)的蒙古人，都先后到達(dá)鎮(zhèn)番，給鎮(zhèn)番衛(wèi)以重大影響。