衛子夫的兒子、太子劉據對江充很不滿，江充曾經在執法時給過他難堪。此時劉徹已垂垂老矣，江充害怕劉據接班后對他不利，同時，他也了解到武帝劉徹對太子早有不滿，總想換掉劉據。于是，江充決定借調查蠱術之機，整整太子。

　　江充聲稱找到了一位能破蠱術的巫師，并說這位大師發現太子宮中有蠱氣。江充帶人搜查太子宮，結果發現了埋在地下的偶人。太子劉據和皇后衛子夫都明白被江充暗算了，但又有口難辯。劉據在媽媽衛子夫的支持下，情急之中將江充宰了，然后集結太子宮和皇后宮的武裝，準備發兵自保。

　　住在外面甘泉行宮的武帝聞訊大驚，先派人到長安招撫太子，但來人根本沒進城就回去了，匯報謊稱太子造反。武帝大怒，派兵平叛。太子劉據哪里是老爸的對手，而且長安城里的官吏、守軍甚至百姓也都不支持他。腹背受敵的太子只好逃出城去。

　　衛子夫在這場變故中是一直站在兒子一邊的，但她沒有隨兒子逃亡。武帝劉徹在事后清算時，像當年對待阿嬌一樣，派大臣來收衛子夫的璽綬，這就是把她廢了。盡管丈夫沒有要殺她，但衛子夫也明白一個廢后的結局是什么樣。

　　所以，大勢已去的衛子夫在宮中上吊自盡，終于未得善終。

　　衛子夫死后，皇后宮的一些宦官將原來宮中的物品全部用車拉走。他們給衛子夫裝進一口小棺材里，草草下葬—當然她是享受不了進皇陵的待遇，在這一點上，她還不如阿嬌。

　　不久，逃亡民間的衛子夫兒子劉據也被發現，劉據只好自殺，他的兒子也被殺死。

　　很多人為太子鳴不平，認為他死得冤。第二年，武帝劉徹也終于明白太子巫蠱案毫無根據。劉徹下令將江充一家滅族，同時建造思子宮，寄托對太子的哀思。

　　但是對衛子夫，劉徹并沒有什么表示。

　　直到近二十年后，劉據的孫子劉詢當了皇帝(漢宣帝)后，才為她的祖奶奶平反昭雪，追謚衛子夫為思后，并重新為她下葬。