清初對河西統治方式，基本上是沿襲明制，仍稱鎮番衛。直支雍正二年（1724），才改設府縣，涼州設府，下轄鎮番縣。

在中原地區政局變化的同時，漠南漠北也發生著巨大變化。

明崇禎八年（1635），清皇太極命其弟多爾袞西征，進入河套、威逼河套蒙古諸部。這時的河套蒙古已是分崩離析，如居住于河西諸衛內外的蒙古人，多依附于明朝，鎮、衛，蒙古汗王的號召力已不起多大作用。不久，明朝滅亡，諸蒙古相繼歸屬清朝。

在河套韃靼蒙古降清和河西少數韃靼蒙古東遷的同時，又一支蒙古人卻從西向東遷移，部分進入河西走廊南北，這就是前面所說的瓦刺蒙古。因遷居后的居地在灑套以西，又稱“西套蒙古”。西套蒙古的一支，后來建立了阿拉旗蒙古的來歷、建旗情況略作說明。

瓦刺在明成祖時東下，其首領脫歡、也先在信時雄長一時。

但以后衰落，退居新疆。就在清兵多爾袞進軍河套的同一年，瓦刺蒙古的和碩特部固始汗已經開始進軍西藏的活動。直至崇禎十二年（1639），整個和碩部東遷，大部分進入青海、西藏，固始汗之兄拜巴噶斯則進入西套。同時期遷來的還有準噶爾部楚琥爾烏巴什的屬下。后來，西套蒙古主要包括和碩特部的一部分和準噶爾部的一部分。

瓦刺部分東遷之后，準噶爾部首領巴圖爾渾臺統一了西部蒙古。死后，其子準噶爾繼承父業，向東擴張。康熙十六年（1677）準噶爾在征服青海和碩特之后，進兵西套，殺拜巴噶斯之子鄂齊爾圖。固始汗之孫和羅理·巴圖爾·額爾克濟農率族人萬余帳歸附清朝。康熙封其為扎薩克，賜賀蘭山（譯為阿拉善）以西為其特等。康熙三十六年（1697）清廷正式下令建立阿拉善旗。旗的分介，據清官員侍郎拉篤祜的報告說：“自寧夏所屬玉泉營以西，羅薩喀  山咀后，至賀蘭山陰一帶，布爾爾哈蘇臺之口。又自西寧所屬倭波嶺塞口以北，努渾努魯山后。甘肅所屬鎮番塞口以北，沿陶闌泰、薩  春濟、雷渾希里等地，向西至卮濟納河，俱以離邊六十里就成了阿拉善旗的牧場。瓦刺蒙古代替了原來的河套蒙古與民勤為鄰了。

康熙急于批準建立阿拉善旗，一方面是這支瓦刺蒙古遷居河西走廊后來去無定，影響河西的安定，需要安置；另一方面，也是主要原因，準噶爾政權的葛爾丹汗不時從天山以北向東擴張，不僅掠奪這支西套蒙古，而且還深入離北京七百趕時髦的烏蘭布通（今克什克騰），嚴重威脅清朝。直至康熙三十六年（1967）康熙御駕親征，才將葛爾丹擊敗，向西逃亡。安置阿拉善蒙古，就可以瓦解噶爾丹的勢力，使其與準葛爾政權底分離。

但是，當時的勘界是草率的。具體解決這一問題的理藩院侍郎拉篤祜并不了解歷史情況，而公以當時牧場現狀勘分地界，因而將西漢建立武威郡以來整個谷水水系都歸武威郡及其下屬縣管理的傳統給割斷了。其至明代的鎮番衛轄區也被劃去了許多。以后，清朝政府不斷修改，才逐漸緩和了矛盾，使之較拉近歷史實際。

明、清時期是民勤地方農業的恢復和發展時期，水利灌溉系統的制度化，促進了農業生產的發展，同時也帶動了畜牧業生產，經濟的繁榮，加速了人口的增長，文化的昌盛。從東漢以后逐漸衰落的景象重新復更生。

辛亥革命后，命令廢除帶有岐視少數民族性質的地名，將鎮番縣改為民勤縣。取其男耕女織，人民勤勞之意，這完全符合民勤的人民特點。民勤人正是通過艱苦的勞動戰勝沙海，在塞上建立起綠洲田園。所以，以民勤[2]為縣名，反映了全縣人民的民情風貌和光榮傳統。