元代（1206——1368），真寧仍屬寧州。山河、太昌、早社3鎮及定平、襄樂2城歸寧州直轄。

明代（1368——1644），前期仍襲舊制，直至萬歷二十九年（1601），經邑人趙邦清提請，朝廷改真寧縣直屬慶陽府，寧州不再領真寧縣。真寧縣轄郭下、長樂、望仙、文樂、樂興、平子、西峪、路上、香廟、中廟、長城、移豐、山河、新莊、萬益、萬盈、安夫、要冊、勾仁、安興、煙村21里。

清代（1616——1911）。初期沿襲明制。順治五年（1648），真寧知縣焦象賢申請，并21里為7里，即：與新、光化、挈炬、和恒、金湯、靈湫、永綏7里，共編為68甲。康熙八年（1669），析陜西行省甘肅布政使司置甘肅行省，真寧屬甘肅行省慶陽府。雍正元年（1723），因避清世宗“胤礻真 ”諱，更名真寧縣為正寧縣。

民國和陜甘寧邊區時期（1911——1949）     

民國初，正寧縣治仍在羅川，正寧縣先后屬隴東道和涇原行政區。民國18年（1929），縣長李劍泉被饑民所殺，縣治遷至山河。當時全縣轄山河、永和、羅川3區42個行政村。民國22年，改區公所為鎮公所。民國25年，民國政府廢涇原行政區，設立甘肅省第三行政督察專員公署，正寧縣屬之。同年，又改鎮公所為區公署。區下為聯保，聯保下為保，保下為甲。全縣共轄3區6聯保46保492甲。

1932年4月，劉志丹、謝子長率領陜甘游擊隊在正寧縣寺村塬建立了陜甘邊區的第一個臨時革命政權——寺村塬革命委員會。1934年11月，共產黨在正寧縣成立了南區革命委員會。1935年初因戰爭原因，南區革命委員會和正寧縣辦事處暫駐陜西省中部縣小石崖村。1935年7月，南區革命委員會和正寧縣辦事處機關遷駐正寧縣三嘉塬。9月，成立南區蘇維埃政府和新正縣革命委員會，兩機關移駐五頃原南邑村。11月，南區蘇維埃政府改為關中特區蘇維埃政府。1937年10月，關中特區改為關中分區督察專員公署，新正縣蘇維埃政府改為新正縣抗日民主政府，屬關中分區管轄，兩機關合署辦公，前后駐南邑村2年零3個月。此后，兩機關移駐新正縣三區八鄉馬家堡。當時，新正縣共轄6區42鄉：一區轄今湫頭、五頃原等9個鄉；二區轄今三嘉、關川等6個鄉；三區轄長舌頭等8個鄉（今屬陜西省旬邑縣）；五區轄今永正、榆林子長樂地區7個鄉；六區轄底廟等5個鄉（今屬陜西省彬縣）。同年，解放區新寧縣抗日民主政府在今正寧縣月明鄉楊園子成立，西坡、月明等鄉歸屬新寧縣管轄。 

1937年1月，國民黨正寧縣政府同新正縣抗日民主政府進行談判，劃分臨時縣界。新正縣政府作出讓步，將第五區全部劃給國民黨正寧縣政府。從此，新正縣轄區由6個區減為5個區，鄉政府合并為28個。

1940年，國民黨政府改區為鄉鎮，取消聯保。國民黨正寧縣政府時有山河、永和、羅川、平子4鎮及永正、紀綱2鄉，下轄46保496甲。

1946年，國民黨正寧縣政府增設三嘉、月明2鄉和湫頭鎮，因地域分屬新正縣和新寧縣，故將月明鄉僑置山河鎮，將三嘉鄉和湫頭鎮僑置永和鎮。

1948年，國民黨正寧縣政府仍轄山河、永和、羅川、平子4鎮及永正、紀綱2鄉，下屬56保。

1949年4月，關中分區更名為三原分區，新正縣、新寧縣屬之。同年5月，國民黨正寧縣自衛隊在雷鴻軒、先子靈率領下宣布武裝起義，縣長馬守禮被押送解放區。6月初，自衛隊一部又叛逃到平子鎮，國民黨第三督察專員公署借機在平子鎮恢復了國民黨正寧縣政府。同年6月，解放區隴東分區和三原分區負責人在陜西三原開會，決定撤銷新正和新寧縣建置，恢復正寧縣和寧縣，并將兩縣歸屬隴東分區。會議還決定將原寧縣管轄的宮河鎮及米橋鄉2個保劃歸正寧縣，將原正寧縣管轄的平子鎮劃歸寧縣。原新寧縣管轄的西坡、月明地區劃歸正寧縣。原新正縣管轄的湫坡頭、職田、底廟分別劃歸陜西省旬邑縣、分阝 縣。7月26日，經中共西北中央局批準，隴東分區改稱慶陽分區，正寧縣屬之。

中華人民共和國時期（1949年至現在）     

1949年7月27日，正寧縣解放。新成立的正寧縣人民政府從原新正縣三區駐地陽坡頭村遷往永正。在永正討論商定了對全縣新解放區的接收工作。8月8日，縣政府機關進駐山河城。從此，山河成為正寧縣政治、經濟、文化活動的中心。

1949年至1952年，正寧縣轄三嘉、湫頭、永和、西坡、永正、羅川、宮河7個區、47個鄉、165個行政村、439個自然村。